Pewnego dnia, z nieba spadły karty, które zostały podniesione przez różne dzieci na całym świecie. Karty przedstawiały różne postacie bakuganów, różne światy i różne moce. Dzieci stworzyły popularną grę wojenną, nie zdając sobie sprawy z tego, że karty stanowiły odzwierciedlenie alternatywnego świata zwanego Vestroia. Dzieci z całego świata grały kartami, lecz szóstka z nich: Dan, Marucho, Runo, Shun, Julie i Alice się zbuntowały. Nazwaly potwory „Bakuganami” a swoją elitarną drużynę “Bakugan Battle Brawlers”

Jednakże, pewnego dnia pojawił się Bakugan, którego przepełniała chęć zdobycia władzy. Nazywał się Naga i jego misją była penetracja cichego jądra i zdobycie jego mocy.

W międzyczasie na Ziemii, naukowiec Michael pracował nad teleportem międzywymiarowym.

Podczas testów maszyny, eksplozja wessała go i przeniosła do Vestroi, gdzie odkrył on dwa jądra energii. Gdy próbował on wrócić na ziemię, został wciągnięty przez złą energię Cichego Jądra i przeistoczył się w czarny charakter pod pseudonimem „Hal G”. Będąc w Vestroi, Hal G spotkał Bakuga Naga i zawarli oni pakt – Hal G odda Nadze świar w zamian za jego kontrolę nad Vestroią.

Naga w końcu zrealizował swój cel dostania się do cichego jądra i rozpoczał pochłanianie jego negatywnej energii. Jednak negatywna energia była dla niego niedoopanowania. Eksplodowała, a Jądro Nieskończoności spadło na Ziemię. Vestroia wybuchła, zsyłając na Bakuganów żyjących na niej negatywną energię opanowywującą ich mózgi i myśli.

Gdy Vestroia zaczęła się rozpadać, został także dotknięty świat ludzi. Jądro Nieskończoności i Ciche Jądro zaczynają się ścierać i stają się niekontrolowane. Zadaniem Dana i innych Battle Brawlers jest odnalezienie Jądra Nieskończoności i połączenie go z Cichym Jadrem, aby przywrócić porządek. To, o czym myśleli ci młodzi gracze na początku, stało się wyścigiem o przywrócenie pokoju na świecie.

Rozpoczęła się Bakugan Bitwa.